Il servizio di trasporto passeggeri, svolto da “Ferrovie del Gargano srl – Divisione Trasporto Ferroviario Passeggeri”, si effettua sulle seguenti linee:
- San Severo-Rodi-Peschici (Calenelle) di km 73+855;
- Foggia-Lucera di km 19+364;
- Foggia-Manfredonia di km 40+000 (servizi sostitutivi).
Nell’ambito dei servizi ferroviari è svolto, dal dicembre 2011, anche un servizio di treni regionali su Rete Ferroviaria Italiana tra le località di San Severo e Foggia.
Rientrano altresì in tale ambito operativo anche le autocorse effettuate sulla relazione Cagnano-S. Nicandro-Portone Perrone nonché quelle effettuate, nei giorni festivi del periodo invernale, in sostituzione del servizio ferroviario. Infine, una apposita rete di autolinee in adduzione ai servizi ferroviari ha la finalità di stabilire opportuni collegamenti tra alcune località distanti dai corrispondenti scali ferroviari e la linea stessa da considerarsi asse portante dell’intero sistema trasportistico nel comprensorio Garganico